Etablissement de bases de données particulières de bactéries et champignons

Sur demande, les taxons qui sont absents de la base de données SARAMIS peuvent être analysés et comparés à des souches de référence fournies par le client.

Dans les cas où l'identification ne peut se faire par les méthodes classiques, par exemple pour les taxons de bactéries de l'environnement encore peu étudiés où inconnus, l'élaboration de ces bases de données constitue une alternative de choix.

Un projet CTI, commencé en juillet 2010,  a déjà démontré que la technique MALDI-TOF permet de distinguer les différentes espèces de Pantoea. Les bactéries du genre Pantoea sont Gram négatif, et appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae. Voir le résumé du projet CTI, voir la publication Pantoea spp.

Identification et classification des Pantoea spp.

Pantoea spp. représente un taxon de bactéries épiphytes dont plusieurs espèces sont utilisées dans la lutte contre certaines maladies de plantes. Cependant, P. agglomerans a été décrit comme pathogène opportuniste, ce qui posa des problèmes pour leur utilisation phytosanitaire, compte tenu des réglementations de biosécurité . 

La classification taxonomique incertaine de nombreuses souches, une discrimination biochimique insuffisante, et un nombre important de séquences d'ARN 16S faussement assignées à P. agglomerans dans les banques de données publiques font de l'analyse SM-MALDI-TOF une méthode idéale pour l'identification de ce groupe de bactéries.
 

Détection d’une résistance à la streptomycine

Dans la souche phytosanitaire P. vagans C9-1S, nous avons aisément mis en évidence le changement lysine - arginine de la protéine ribosomale S12, dû à la mutation ponctuelle responsable de sa résistance à la streptomycine. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2897409/figure/f7/

Intéressé par l'analyse de protéines?

D’autres taxons sont actuellement à l’étude, comme Xanthomonas spp., Dickeya "solani", Agrobacterium spp., et Rhibobium spp.
 

Voir la présentation (.pdf, 2.58 Mo) de Dr. Joël Pothier: MALDI-TOF mass spectrometry application for rapid phylogenetic analysis and identification of plant-health relevant bacteria.