Spezifische Datenbanken für Bakterien und Pilze

Mikroorganismen welche nicht standardmäßig in der SARAMIS Datenbank enthalten sind, können auf Wunsch mit Kundenreferenzen abgedeckt werden.

Das Erstellen solcher kundenspezifischer Datenbanken ist eine Alternative für die Identifizierung von Keimen welche mit klassischen Methoden nur schwer erfasst werden können (z.B. ungenügend charakterisierte Taxa oder gänzlich unbekannte Umweltkeime).

Seit Juli 2010 sind wir an einem KTI Projekt beteiligt, im Rahmen dessen gezeigt werden konnte,  das MALDI-TOF MS zur Identifizierung von Pantoea Spezies genützt werden kann. Pantoea ssp. sind gram-negative Bakterien der Familie Enterobacteriacieae.  KTI projekt, Pantoea Publikation

Identifizierung und Klassifizierung von Pantoea spp.

Pantoea spp. representiert ein heterogenes Taxon epiphytischer Bakterien mit mehreren zur biologischen Bekämpfung von Pflanzenkrankheiten eingesetzten Spezies. Dennoch wurde P. agglomerans als opportunistisch pathogener Keim beschrieben; folglich wurde der phytosanitäre Einsatz von Pantoea spp. in Bezug auf die Biosicherheitsregelungen fragwürdig.
Die unsichere taxonomische Stellung sowie eine unzureichende biochemische Diskriminierung und eine Vielzahl von falsch in öffentlichen Datenbanken zugeteilten 16S Sequenzen machen MALDI-TOF MS zur idealen Methode für die Identifizierung von Pantoea spp. und verwandten Taxa. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2897409/figure/f3/

Streptomycin Resistenz in Isolaten zur biologischen Kontrolle

In dem P. vagans C9-1S Stamm ist es uns leicht gefallen,  die im ribosomalen Protein Lysin-Arginin auftretende Änderung nachzuweisen, die von der punktuellen Streptomycinresistenz-Mutation verursacht wird. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2897409/figure/f7/ 

Interessiert an Analyse von Proteinen?

Weitere  Taxa werden untersucht, z.B. Xanthomas spp., Dickeya spp., Agrobacterium spp., Rhizobium spp. 

Siehe folgende Präsentation (.pdf, 2.58 Mo) von Dr. Joël Pothier: MALDI-TOF mass spectrometry application for rapid phylogenetic analysis and identification of plant-health relevant bacteria.